由各地檢署派駐檢察官於廉政署，指揮廉政官及相關司法警察（官）偵辦貪瀆案件，係以多重過濾查證機制，精準掌握犯罪事證，於兼顧法院組織法、刑事訴訟法之檢察一體、偵查不公開等規定，秉持案件不分大小、公開透明、不論層級，事證明確一律嚴辦等原則實施偵查，當能有效落實人權保障，並強化貪瀆案件偵辦效能，俾藉精緻偵查作為提昇定罪率，展現政府肅貪決心。
我國刑事訴訟法屬於大陸法系，以檢察官為偵查主體，而未來廉政署人員執行貪瀆犯罪調查職務時，司法警察(官)依刑事訴訟法第228條第1項規定，應受檢察官指揮偵查犯罪，故廉政署廉政人員知有貪瀆犯罪情形，即報請檢察官指揮偵辦，應符合刑事訴訟法之規定。檢察官偵辦案件除內部檢察一體的指揮外，對外獨立行使職權，廉政人員開始偵辦貪瀆案件即報請檢察官指揮偵辦，可以確保案件偵辦不受干擾，且因檢察官自一開始即指揮偵辦，對證據之蒐集及法律適用均較精準，亦必更符合刑事訴訟之相關規定，不但對人權更有保障，且可使定罪率提高。故檢察官駐署指揮偵查貪瀆犯罪之偵辦，與現行刑事訴訟法之規定無悖。
廉政署派駐檢察官制度係為突破國家機關就貪瀆不法案件固有調查模式（由各政風機構發掘貪瀆線索後，嗣移法務部調查局強化蒐證，最後由該局函請檢察機關立案偵辦），由檢察官直接參與廉政署調查程序，提昇蒐證品質與辦案效能，建立檢察官「先期介入偵查之期前辦案模式。於此，實與社會發生重大刑事案件時，常由檢察官到場指揮偵辦、囑由司法警察（官）就犯罪事證進行蒐證一情符合；又如選舉期間，為期有效查察賄選、防制暴力介入，由地方法院檢察署成立查察賄選執行小組，並指派檢察官進駐分局，指揮警調人員即時偵查賄選、暴力犯罪，以收速效，均屬適例。
更新日期：Sep 22, 2011