廉政工作具有專業性及多面向，故即使世界各國政府已有檢察、司法警察、會計、審計、監察部門，惟聯合國《反腐敗公約》仍倡議各國設置專責廉政機關。
特偵組、檢察官、調查局其任務在於司法肅貪工作，偵辦貪瀆犯罪僅為其業務職掌之一環。惟廉政署則具有規劃廉政政策、執行反貪、防貪及肅貪職掌，且首要目標係透過反貪、防貪工作，以降低貪瀆犯罪率，故廉政署將協助公務機關建立防貪機制，避免貪腐發生，並減少因勇於任事卻被誤解為貪瀆而受刑事偵查之累。
廉政署在司法肅貪方面是專責但不獨占，配合與調查局明確且適當的分工，在檢察官統合、指揮下，形成「交叉火網」，以分進合擊方式，發揮複式布網功能，減低犯罪死角，絕不會一案兩辦，也不會增加作業流程；與調查局間如有踩線疑慮，可由最高檢察署中央肅貪督導小組及各地檢署肅貪執行小組，負責肅貪調查行動的協調，可避免同一事件受不同單位重複偵查困擾之苦，因此不會發生肅貪機關重疊或過多的問題。
機關內之會計單位屬內部控制，監察院則以彈劾、糾舉及審計，於外部監督，各有其功能面相。廉政署結合政風機構防貪、反貪功能，協助司法機關研判案情，防止誤辦，且促進機關透明鼓勵公務員勇於任事，確保實踐公務員不願貪、不必貪、不能貪、不敢貪，保障大多數奉公守法的公務員。
更新日期：Sep 22, 2011