我國刑事訴訟制度是以檢察官為偵查的主體，而檢察官所屬之檢察機關則隸屬於法務部，於法務部下設置廉政署，並調派檢察官直接駐署，指揮偵辦貪瀆案件，本來即具有超然的獨立性；且因同屬法務部，在偵辦貪瀆案件時，檢察官可先期指導、審查案件調查之進行，於統籌偵辦人力、資源結合，較隸屬其他機關更具效率。
未來廉政署署本部及各地區調查組之廉政官具有司法警察權，由派駐廉政署之檢察官直接指揮偵辦貪瀆案件，貫徹檢察官偵查主體的精神，發揮以臂使指偵查效能，提升其辦案效率與獨立性。另由社會公正人士組成「廉政審查會」，定期審查結存案件，防止誤判、拖辦及吃案，監督廉政署運作之透明，更將提升廉政署的獨立性和超然性。
將廉政署設在總統府、行政院或監察院，不但不利於肅貪工作之提升，反而因破壞法律既有制度而難以順利推動肅貪工作。因為在檢察官是偵查主體的現行體制下，將使檢察官指揮監督偵查工作的效率降低；同時，會把刑事訴訟制度打亂，提供外界不當想像的空間。
觀察近期檢察官指揮偵辦社會矚目重大弊案，均係檢察事務官、司法警察在檢察官指揮下同心協力偵辦，益徵刑事案件之偵查與辦案機關的層級無關。
更新日期：Sep 22, 2011