法務部廉政署具有規劃廉政政策、執行反貪、防貪及肅貪職掌，而肅貪僅是調查局查察賄選、國家安全及經濟犯罪等職掌的ㄧ部分，且調查局未主管廉政政策規劃與「國家廉政建設行動方案」等防貪工作。故兩個單位僅在肅貪方面職權相同，而在防貪與反貪工作上，並不重疊。再以毒品防制來說，調查局組織法明定為調查局20項職掌之一，但是由警察、調查、海巡、憲兵、海關等分進合擊，發揮整體效益。
將來廉政署是專責但不獨占，全力辦理公部門的肅貪案件，配合與調查局明確且適當的分工，在檢察官統合、指揮下，形成「交叉火網」，發揮複式布網功能，進而減低犯罪死角。
因此，這是發揮整體戰力，絕不會一案兩辦，也不會增加作業流程，若有踩線疑慮，由最高檢察署中央肅貪督導小組，及各地檢署肅貪執行小組，負責肅貪調查行動的協調，並不會重疊，即可避免疊床架屋。
更新日期：Sep 22, 2011