最高法院檢察署特別偵查組與廉政署，二者屬性不同；關於貪瀆案件之偵辦，於對象、案件範圍皆顯有不同，不會有疊床架屋情形發生。
最高法院檢察署設特別偵查組，則係依據「法院組織法」第63條之1規定，屬檢察體系之一環，職司「一、涉及總統、副總統、五院院長、部會首長或上將階級軍職人員之貪瀆案件。二、選務機關、政黨或候選人於總統、副總統或立法委員選舉時，涉嫌全國性舞弊事件或妨害選舉之案件。三、特殊重大貪瀆、經濟犯罪、危害社會秩序，經最高法院檢察署檢察總長指定之案件。」等一定層級以上重要職務人員之貪瀆案件及特殊重大貪瀆、經濟犯罪、危害社會秩序之案件。
法務部廉政署的任務，係專責辦理國家廉政政策，推動執行反貪、防貪及肅貪等項業務。就肅貪業務而言，廉政署為司法警察性質，主要執行公務員貪瀆或相關犯罪之調查，輔助檢察官負責先期之情資線索查證，並接受檢察官指揮；至如屬特別偵查組之偵查案件，將移由最高法院檢察署特偵組偵辦，不會重疊。
更新日期：Sep 22, 2011