法務部廉政署具有規劃廉政政策、執行反貪、防貪及肅貪職掌；而肅貪僅是調查局查察賄選、國家安全及經濟犯罪等職掌的ㄧ部分，且調查局未主管廉政政策規劃與「國家廉政建設行動方案」等防貪工作。故兩個單位僅在肅貪方面職權相同，而在防貪與反貪工作上，並不重疊。再以毒品防制來說，調查局組織法明定為調查局20項職掌之一，但是由警察、調查、海巡、憲兵、海關等分進合擊，發揮整體效益。
就廉政署肅貪業務面而言，凡是公部門或與公部門有關的貪污案件，皆為法務部廉政署偵辦之範圍；雖然法務部調查局仍然辦理肅貪案件，惟如有兩機關受理同一案件，屆時將由偵查主體之檢察官統合、協調。廉政署與調查局受理、偵辦貪瀆犯罪案件，職掌明確，分工清楚，不容推諉。而且，廉政署成立後，將強化與調查局之聯繫協調及合作事宜，絕不會有互踢皮球的情形發生。
更新日期：Sep 22, 2011