中選會表示，該會為獨立機關，對於所有公民投票提案皆依公平、公正、公開之精神辦理。不因提案人不同而有所優惠或歧視，更不因提案內容是否支持或反對特定政治議題而給予差別待遇（憲法第7條；行政程序法第6條參照）。在無法律授權時，該會不得擅自給予某項公民投票提案優惠，以免牴觸法治國家最基本的法律保留原則。
黃士修先生領銜向中選會提出之「您是否同意：廢除電業法第95條第1項，即廢除『核能發電設備應於中華民國一百十四年以前，全部停止運轉』之條文？」全國性公民投票案，第二階段連署書已於107年9月6日經該會依公民投票法第13條第1項查收，共314,135份，並開立查收收據在案。中選會業已函請戶政機關查對。在查對完成前，並無再次點收之權限與義務，黃士修先生亦無向該會再次送件之權利與必要。中選會已當面向黃先生說明，並發新聞稿澄清。為免黃先生誤解公投法規定，特別再次書面釐清，並向社會大眾做以下說明:
一、本案已點收，不適用公投法第13條第1項之補提規定，該項規定：「主管機關收到連署人名冊後，經審查連署人數不足前條第一項之規定、經刪除未簽名或蓋章之連署人致連署人數不足或未依前條第三項規定格式提出者，主管機關應通知提案人之領銜人於三十日內補提，補提後仍不符規定者或逾期不補提者，該提案應予駁回；合於規定者，應函請戶政機關於三十日內完成查對。」本項概略點收(raw count)規定之主要目的在於確認未經查對前之連署書份數，是否達到法定門檻281,745份（公投法第12條第1項）。若連署人數已達法定門檻，即應啟動戶政機關的查對程序，而無補提之必要與正當性，這樣才可以快速進入連署書查對階段。所以沒有所謂「第二次送件」或「補提」的問題。若連署人數經概略點收後未達法定門檻，公投法才給予領銜人一次補提連署書之機會。
二、部分人士認為「公投法及公投法施行細則規定沒有規定只准送一次，能不能讓他們補送一次，使整個累計的連署書能符合規定，免得到時候審查之後被退件。」這種解釋牴觸公投法第13條第1項之立法目的。公投法第12條第3項已明文規定連署人名册應分直轄市、縣（市）、鄉〈鎮、市、區）分別裝訂成册，向主管機關提出。其立法旨意就是要連署人名册一次提出，並分類清楚以方便分送各地區戶政機關查對；如果可以「第二次送件」、「第三次送件」……甚至無限次數提出，那何必預作分類？又如何分類？更何況沒有任何一個機關可以有辦法無限次數收件。如果領銜人擔心，經戶政機關查對後，發現不足法定門檻，在查對程序中就要求補提連署人，以免錯過公投綁大選時間，而要求「第二次送件」或「補件」，將使得已經完成之點收程序，處於懸而未決，戶政機關將無從判斷何時為查對截止日。本會必須依法行政，在法定前提要件尚不具備的情形下，若未經法律授權即便宜行事，法治原則將蕩然無存。
三、黃先生9月6日向本會提出連署人名冊後，本會已依法點收314,135份連署書，超過公投法第12條第1項最低門檻281,745份，故無補提之必要。依公投法第13條第1項之點收連署書階段已經完成，經本會函請戶政機關查對，目前已進入30天查對期。公投法並未授權本會得重啟第13條第1項之點收，故黃先生無補提之權利，亦無權對已經結束的點收程序要求重啟，而進行第二次點收。
四、另有不同聲音認為「公投法規定，連署總時間其實是6個月，6個月內都可以去連署、繳交連署書；換言之，沒有停止收件的問題，只有在哪個時間點達標的問題。中選會說9月14日停止收件，是為了要綁九合一大選，但只要6個月內能連署到法定門檻，中選會沒有理由不收件。」以上意見誤解了公投法第13條第1項規定的領銜人和中選會之間的分工界線。領銜人一旦領取連署表格，在6個月的連署期間內，他必須努力收集超過法定門檻份數(281,745)連署書，才一次向中選會提交。若提案份數不足，公投法第13條第1項給予一次補提機會。如果領銜人自己覺得連署份數只有超過法定門檻一點點，那他應該多收集連署書，直到他有信心連署書經查對後，仍有足夠份數可以跨越法定門檻，再來向中選會提交連署人名冊。
6個月連署期間內，在點收連署書程序結束前，領銜人隨時都可繳交連署書，中選會沒有理由不收件，當然也沒有停止收件的問題。到目前為止的10件公投案，中選會都是隨到隨收，不曾拒收。10個公投案皆經依法點收，並送交戶政機關查對在案。點收階段已經完成，沒有任何一個公投案可以要求本會再次隨時點收。
五、目前連署書正在戶政機關查對，戶政機關須在30天查對期內完成。依公投法第13條第3項規定，黃先生提出之連署人名冊經戶政機關查對後，其連署人數若合於公投法第12條第一項規定之法定門檻281,745人，本會應於十日內為公民投票案成立之公告，並將該公民投票案予以編號；只有當黃先生提出之連署人數不足法定人數，經本會通知黃先生於30日內補提連署書，黃先生才有依公投法第13條第3項補提連署書之必要。本會必須依法行政，在法定要件尚未具備下，不得超越公投法第13條第3項規定之可能文義範圍，提早受理黃先生補件。
六、除了黃先生的提案外，目前共有10個提案依法送往全國各戶政機關查對。若給予黃先生特別優惠，進行法律未授權的「第二次收件」或「補件」，將造成對其他九個公民投票提案的不公平對待，而牴觸法律之前人人平等的精神。若同樣給予十個公投案進行法律未授權的「第二次收件」或「補件」，不僅違反法律保留，同時造成戶政機關無所適從，不知每一個案件的30日查對期間何時起算、何時截止。